Os Departamentos são organismos centrais de primeiro nível que integram os vários Núcleos e Grupos de trabalho. Os Departamentos são estruturas administrativas que apoiam, organizam e coordenam o trabalho prosseguido dentro de cada uma das vertentes por onde se desenvolve a acção do Centro.

O Centro tem actualmente quatro Departamentos:

• Artes
• Ciências
• Humanidades
• Museologia

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